2013년 공단의 재무상태를 보면 현금 및 현금성 자산, 유동금융자산, 부동산, 미수보험료 등 자산이 20조 3,514억 원이고, 부채는 임직원 퇴직금, 납기가 도래하지 않은 세금 등 지급해야 할 금액 등으로 6조 8,482억 원, 자본은 법정적립금 5조 7,015억 원 및 당기잉여금 등 7조 8,017억 원 등 13조 5,032억 원이다. 지난해 4대 사업의 총 영업성과를 살펴보면, 보험료 수입 및 국고지원금 등 영업수익이 55조 1,209억 원, 병의원 등에 지급한 진료비 등 사업비용이 40조 1,786억 원, 장기요양기관에 지급한 비용 3조 1,379억 원, 심사평가원부담금을 포함한 관리운영비 9,109억 원 등으로 총 영업비용은 50조 4,912억 원인 것으로 나타났다.
그 외 자산운영 등으로 발생한 예금이자 수입 등 기타수익이 1조 8,432억 원으로 지난 2013년 건강보험공단의 영업수익은 6조 4,729억 원을 기록했다. 공단의 영업수익이 전년도에 이어 흑자를 유지할 수 있었던 요인으로는 약가인하 등으로 보험급여비 지출 증가율이 둔화되는 한편, 전년도 보수월액 상승(4.2%) 및 직장가입자 연말정산 수입 등으로 수익이 증가했기 때문이다. 또한 재정흑자 요인 중 짚고 넘어가야 할 중요한 부분은 보험자인 공단의 자구노력이다. 전사적으로 재정안정대책반을 운영하여 수입재원 확보와 지출효율화 노력을 통해 8,210억 원의 추가 재원을 확보하였다.
정부는 국가신인도와 회계 투명성을 제고하기 위해 많은 노력을 해오고 있다.
국제회계기준은 글로벌 경제하에서 재무제표의 국제적 통일성을 높이고, 국가 혹은 기업 간에 재무정보의 비교가능성 및 투명성 제고를 위해 필요한 제도로, 국제회계기준위원회(IASB)가 제정을 담당하고 있다. 우리나라는 공기업에 이어 2013 회계연도부터 83개 준정부기관도 국제회계기준 적용을 의무화하고 있다. 새로이 적용되는 회계기준의 주요 변경내용으로는 자산ㆍ부채 평가를 공정가치(현재가치)로 평가함은 물론, 엄격한 발생주의를 적용하여 회계원칙을 중시한다는 점을 들수 있다.