건강보험 재정누수는 건강보험체계 내·외의 전 분야에서 발생하고 있다.
체계 내 누수는 수입부문에 있어 보험료 부과기준, 국고부담, 건강증진기금 등의 비정상적 운영과, 지출에 있어서 진료비 청구·심사·지급 시스템 및 보험급여(여부)를 결정하는 비정상적인 구조에서 발생한다. 체계 밖의 누수로는 법률(담배사업법)에 의해 제도화 된 흡연피해로 인한 재정 손실액이다.
이 중 가장 대표적인 재정누수 요인은 바로 비정상적인 진료비 청구·심사·지급시스템이다.