면역계는 외부의 적(항원)을 인식하고 처리를 담당하고 있는 기관, 세포, 분자를 포함하며, 크게 선천면역과 적응면역으로 나눌 수 있다.
선천면역은 출생시부터 존재하여 이전에 노출되지 않았던 감염 물질에 대해서도 일차적 방어작용을 하며, 물리화학적 방어체계, 세포 방어체계, 분자모양인식에 기초한 반응 등이 있다. 물리화학적 방어는 피부의 지방산, 라이소자임, 소화기관의 위산, 소화효소, 담즙, 기도의 상피세포의 점액과 섬모운동, 기침 등이 있다. 세포 방어체계에는 다형핵 백혈구, 대식세포, 수지상세포, 자연살해세포, 자연살해 T림프구, 선천림프모양세포 등이 역할을 하며, 분자모양인식 수용체는 항원의 모양을 인식 판단하여 병원체를 인식하고 추가적인 반응을 유도하도록 한다. 적응면역은 특정 항원에 대한 T림프구와 B림프구의 상호작용에 의해 다양한 사이토카인과 항체의 생성을 유도하여 방어를 담당한다. 예방접종은 세균이나 바이러스에 대해 항체생성을 미리 유도하고 기억세포를 활성화시켜 추후 특정 항원(세균, 바이러스등)에 노출되었을 때 효과적으로 방어하도록 하는 획득면역을 이용한 원리이다.
면역기관에는 1차 림프기관인 골수, 흉선, 2차 림프기관인 림프절, 비장, 피부면역계, 점막 면역계가 서로 작용한다. 골수는 혈구세포들이 생성되고 성숙되는 곳이며, 흉선은 골수에서 생성된 미성숙 T림프구가 면역기능을 할 수 있도록 성숙하는 과정이 진행되는 장기이다.
흉선세포의 성숙과정에서 결과적으로 자신의 세포와 외부 항원을 다르게 인식할 수 있도록 하여 면역세포들이 자기세포들을 공격하지 않도록 교육시키는 역할을 한다. 림프절은 단백질 항원에 대한 면역반응이 이루어지는 장소로 피질, 수질, 부피질로 구성되어 있다. 피질에는 세포들이 집합하여 소포를 형성하며, 부피질에는 수상돌기세포, 단핵세포 등이 모여 있다. 부피질에는 T림프구가 분포한다. 비장은 혈액 내의 항원을 여과하는 기능을 담당하며 결함 있는 백혈구들을 제거하기도 한다. 비장이 없으면 세균에 대한 식균작용이 이루어지지 않기 때문에 사슬알폐렴균과 수막알균 같이 캡슐로 싸인 박테리아에 의한 감염이 빈번히 발생하므로 비장 절제술을 받은 경우 이들 균에 대한 예방접종이 필수적이다.
이러한 면역계는 정상적으로 작동하면 감염원 등 외부의 적을 방어하는 중요한 역할을 하지만, 비정상적으로 외부 항원에 대해 면역반응이 활성화되면 비염, 아토피피부염, 천식, 식품알레르기, 약물알레르기, 아나필락시스 등 알레르기 질환을 유발한다. 면역계 기능이 선천적으로 결핍되거나 저하된 경우가 선천면역결핍질환이다. 후천적으로 결핍 또는 저하된 경우 후천면역결핍질환으로 구분하며 감염에 취약한 반응을 보이고, 사람면역결핍바이러스에 의해 T림프구에 이상이 있는 경우 등이 이에 속한다. 면역계가 어느 정도의 활성화 이후에는 다시 멈추거나 비활성화 되어야 하지만, 이러한 조절이 원활하지 않은 경우 류마티스 질환이나 루프스, 혈관염 등 자가면역질환이 발생한다. 최근에는 자가면연질환과 달리 자가항체나 항원특이 T세포가 발견되지 않는 경우 자가염증질환으로 분류한다.
외부에서 유입된 세균이나 바이러스 등의 항원은 1차 방어선인 물리화학적 방어체계 즉, 피부세포의 방어, 코나 구강 점막에서의 방어, 소화기관의 점막, 위산, 호흡기계의 기관지 점막과 점액, 섬모운동, 기침 등의 작용으로 물리치게 된다. 이러한 1차 방어선이 취약한 경우 즉, 피부를 긁어서 상처가 나거나 화상으로 손상되거나, 코나 구강의 점막이 건조하거나, 기관지가 건조해서 점액이 원활히 분비되지 않거나, 담배나 매연 등으로 기관지 섬모세포가 기능을 하지 못하는 경우에는 감염에 쉽게 걸릴 수 있다. 1차 방어선을 통과한 항원은 2차 방어선인 세포 방어체계가 작동하게 된다. 수지상세포는 항원을 인식하여 T림프구에 제공하고 동시에 사이토카인을 분비하여 세포들을 불러 모으게 된다. 항원을 인식한 T림프구는 B림프구를 자극하여 항원 특이적인 항체를 생성하여 특정항원이 표시된 세포만을 공격하도록 유도한다. 사이토카인에 의해 항원이 침입된 부위로 모여든 여러 세포들, 다형핵 백혈구, 대식세포, 수지상세포, 자연살해세포, 자연살해 T림프구 등은 자기세포들과 외부세포들을 구별하여 공격하고 외부세포들을 제거하게 된다. 이때 보체계가 같이 작용하여 외부세포들의 사멸을 돕는다. 각 장기별로도 방어막과 방어면역체계를 가지고 있으며, 뇌와 척수는 뇌수막이 보호하고 내부에 뇌척수액이 방어작용을 담당한다. 복부에는 복막, 흉부에는 흉막(늑막) 등이 비슷한 역할을 한다. 이러한 면역반응을 통해 외부의 적을 건강하게 이겨낸 경우 활성화된 면역계가 다시 비활성화되어 평소 상태로 돌아가야 하지만, 활성화된 면역계의 2차 반응으로 내 몸의 정상세포들도 같이 손상되거나 사멸된다. 대부분은 새로운 정상세포들이 사멸된 세포들을 대체하게 되지만 비정상적으로 마무리되면 섬유모세포 등이 정상적인 세포들을 대체하게 되어 상처에 흉이 남듯이 침범된 장기별로 면역반응을 이겨낸 세포들에 흉이 남게되어 추후 적의 침투시에 효과적으로 방어를 못하게 될 수 있다.