2018년 10월부터 뇌·뇌혈관·특수검사 MRI 검사에 건강보험 적용이 확대되었다. 뇌질환 등 진단 또는 질환 추적 관찰이 필요한 경우 주로 실시하며, 특히 뇌·뇌혈관검사와 함께 병행하는 특수검사도 보험 적용에 포함되었다.(특수 검사는 뇌 부위 촬영 시에만 건강보험 적용) 기존 뇌종양, 뇌경색, 뇌전증 등 뇌질환이 의심되는 경우 MRI 검사를 하더라도 중증 뇌질환으로 진단되는 환자만 건강보험 혜택을 받을 수 있었다. 하지만 건강보험 적용 확대 이후 신경학적 이상 증상이나 신경학적 검사 등 검사상 이상 소견이 있는 등 뇌질환이 의심되는 모든 경우에 건강보험이 적용되어 의학적으로 뇌·뇌혈관 MRI 검사가 필요한 모든 환자가 의료비 경감 혜택을 받을 수 있게 되었다. 건강보험 적용 확대로 기존 약 38만~66만 원을 부담하던 검사 비용이 4분의 1 수준인 약 9만~18만 원(뇌 일반 MRI 검사 기준)으로 크게 완화되었다. 또한 중증 뇌질환자는 충분한 경과 관찰을 보장하기 위해 보험 적용 기간과 횟수가 확대되며 해당 기간에 적용 횟수를 초과해 검사가 이루어지는 경우 본인부담률이 80%로 높게 적용된다.
다만 두통·어지럼 등 경증 증상에서의 MRI 검사가 예상보다 과도하게 증가하고, 의료 과·남용의 우려가 있어 올 4월부터 보험 기준이 개선되었다. 뇌질환이 의심되는 두통·어지럼으로 MRI 검사를 실시하는 경우 신경학적 검사 이상 여부 등에 따라 환자 본인부담률이 다르게 적용된다. 신경학적 검사상 이상 증상이나 벼락두통, 중추성 어지럼 등 뇌질환이 강력히 의심될 만한 임상 증상이 있는 경우 기존과 같은 본인부담률이 30~60%지만, 이 외에 경증 두통·어지럼으로 MRI 검사를 할 경우 본인부담률이 80%로 높게 적용된다.