전립선은 방광 아래 부분에서 요도를 반지처럼 감싸고 있으며, 정액을 생산해 요도로 배출하는 남성의 생식기관이다. 골반 깊숙한 곳에 위치하고 있어 아랫배에 초음파탐촉자를 밀착해놓고 초음파검사를 시행할 경우 좋은 영상을 얻기 어려울 수 있다. 해부학적으로 전립선은 직장 바로 앞에 위치하기 때문에 항문으로 초음파 장치를 삽입해 촬영하면 선명한 전립선 영상을 얻을 수 있다. 이를 경직장 전립선 초음파라 한다. 전립선의 형태적 이상 유무와 크기 측정은 물론 전립선에 연결되는 정낭 등 비뇨기계를 관찰할 수 있다. 또한 전립선비대증을 앓고 있는 환자의 경우 비대해진 전립선에 요도가 눌려 화장실에 다녀와도 방광에 소변이 남아 있다. 이런 잔뇨의 양을 측정하기 위해 초음파검사를 시행하기도 한다.

음낭 초음파검사 또는 고환 초음파검사라고 부른다. 바르게 누운 상태에서 고환낭에 초음파탐촉자를 대고 고환, 부고환 및 정관을 관찰하는 검사법이다. 음낭의 염증, 고환염전, 잠복고환, 고환종양, 정맥류 등 고환질환을 감별하기 위해 널리 이용하고 있다. 특히 갑작스러운 음낭 통증이 있을 때 부고환염과 고환염전을 감별하는 것이 중요하다. 음낭 초음파검사를 통해 빠르고 정확하게 두 질환을 감별하고 진단할 수 있다.